Producida la Revolución de Mayo la Primera Junta incorporó a la Prefectura como Institución de la Patria en 1810, hecho que se produjo a través de dos decretos: uno del 25 de junio, por el que oficialmente se disponía que la Capitanía de Puerto debía subordinarse al primer Gobierno Patrio, absteniéndose de obedecer a la Comandancia de Marina española de Montevideo; el otro del 30 de junio que redactó de puño y letra el Dr. Mariano Moreno - Secretario de Gobierno y Guerra de la Junta - nombrando al Cnel. Martín Jacobo Thompson como primer Capitán de Puertos de las Provincias Unidas del Río de la Plata, es decir el primer Prefecto Nacional Naval. Este hito histórico marca la creación de la Prefectura Naval Argentina la que cada 30 de junio celebra un nuevo cumpleaños.